Murad đã ra đời tại Manisa, vào ngày 4 tháng 7 năm 1546, là con trai trưởng của sultan Selim II (1566-74) và Nur-Banu. Trước khi lên ngôi, Murad đã được vua cha chọn làm tỉnh trưởng Manisa, và đã học hỏi được nhiều từ các nhân tài Manisa. Ông cũng nói giỏi tiếng Ba Tư và Ả Rập. Năm 1574, khi vua cha mất, ông về kinh đô Constantinopolis và lên ngôi. Triều đại Murad III ghi dấu ấn những cuộc chiến tranh với Ba Tư (1578-1590) và Áo (1593-1606).

Sokollu Mehmed Pasha (từng là tể tướng của Suleyman I và Selim II ngày trước), một người có tài, đã giữ chức Đại Vizia cho đến khi bị ám sát năm 1579. Dưới thời Murad III, nền kinh tế ca Đế quốc Ottoman đã sút giảm.

Trong hậu cung, Murad III có đến khoảng 1200 người cung nữ xinh đẹp. Murad III cũng có đến khoảng 103 người con. Hoàng hậu của ông Safiye Sultan - một quý bà người Venezia - sau này trở thành thái hậu của Mehmed III.